水利行业河道整治工程设计乙级资质的办理流程通常包括以下几个步骤：

注册成立公司：

如果您还没有一家公司，首先需要注册一家经营范围包括水利工程施工的企业。

如果已有公司，则需要确保经营范围包含相关业务。

满足基本条件：

注册资本：企业的注册资本需达到100万元以上；如果是分公司，注册资本应达到50万元以上。

人员配置：需要配备总计15名专业技术人员。
主导专业技术人员：
规划土木（水利水电）：3名
结构土木（水利水电）：5名
地质土木（水利水电）：2名
水土保持土木（水利水电）：1名
移民土木（水利水电）：1名
其他专业技术人员：
中级环境保护职称：1名
中级电气职称：1名
中级工程造价职称：1名

工程经验：企业需要具备河道整治工程设计的经验，并且在过去三年的业绩中至少有一个项目达到了乙级资质的要求。

准备材料：

填写资质申请表，并准备相关的证明材料，如公司营业执照副本、公司章程、财务报表、人员资质证明等。

提交申请：

登录企业工商注册所在地的建设主管部门网站，填写并提交资质申请表。

打印纸质文件，并向县级以上建设厅主管部门提交纸质申请材料。

初审与上报：

县级以上建设厅主管部门会在一定时间内对申请材料进行初审，并签署初审意见。

初审通过后，将申请材料上报至省级建设主管部门。

省级审核与公示：

省级建设厅对上报的材料进行复审。

审核通过后，将在省级建设厅的门户网站上公示审核意见。

最终审批与证书颁发：

公示期满后，主管部门会在网站上发布最终审批决定的通知。

如果申请被批准，企业可以等待领取水利行业河道整治工程设计乙级资质证书。

后续管理：

成功获得资质后，企业还需要定期维护资质的有效性，包括但不限于完成继续教育、参与行业活动等。